Sveučilišni centar za protestantsku teologiju Matija Vlačić Ilirik nastavlja zapaženu izdavačku djelatnost Teološkog fakulteta Matija Vlačić Ilirik.
S namjerom da se studentima, ali i široj znanstvenoj zajednici, ponude kvalitetna teološka izdanja, oformljena su dva niza: Bibliotheca Flaciana, u kojoj je dosad objavljen niz recentnih udžbenika i priručnika, te Folia Protestantica Croatica, u kojoj se objavljuju djela posvećena protestantskoj baštini u Hrvatskoj. Zaseban izdavački projekt jest povratak uraških izdanja u Hrvatsku, a projekt Klasici protestantizma postupno objavljuje reformacijske tekstove u izvorniku i hrvatskom prijevodu.
Temeljna znanstvena edicija Centra, podijeljena u šest područja: Stari zavjet, Novi zavjet, Povijest Crkve i teologije, Sustavna teologija, Praktična teologija i Pomoćne teološke znanosti.